Метод программно-целевого планирования и управления является  инструментом стратегического планирования в области здравоохранения. В настоящее время в здравоохранении РФ существуют два основных механизма реализации программно-целевого метода: через Государственную программу государственных гарантий и через федеральные целевые программы.

В Программе государственных гарантий оказания гражданам РФ бесплатной медицинской помощи сформулированы требования по оказанию населению медицинских услуг (утверждается ежегодно). Программа государственных гарантий является основой программно-целевого управления отраслью, а ее показатели отражают конечный результат деятельности медицинских учреждений и системы здравоохранения в целом, что необходимо в условиях бюджетирования, ориентированного на конечный результат – повышение доступности и качества медицинской помощи населению, эффективного использования государственных ресурсов в здравоохранении.

Программа государственных гарантий на 2023 год утверждена постановлением Правительства РФ от 28 декабря 2023 г. №2353"О программе государственных гарантий бесплатного оказания гражданам медицинской помощи на 2024 год и на плановый период 2025 и 2026 годов"

БУ ХМАО-Югры «СККВД» участвует в реализации целевых программ развития здравоохранения: Региональный проект "Обеспечение медицинских организаций системы здравоохранения квалифицированными кадрами (Ханты-Мансийский автономный округ-Югра), «Приоритетный национальный проект «Здоровье», «Предупреждение и борьба с заболеваниями социального характера», подпрограммы «О мерах по предупреждению дальнейшего распространения заболеваний, передаваемых половым путем», «Современное здравоохранение Югры», «Модернизация здравоохранения».